eso te pasará en el coche como con cualquier otro USB.
Ten en cuenta, que los cargadores usb son eso.... cargadores donde la intensidad del puerto es mayor pero no la real de un puerto USB.
Es decir, un puerto USB sea del coche o de cualquier ordenador, tiene 500mah si es 2.0 y 900mah si es 3.0. En el caso del M6 creo que son 2.0 por lo que el movil cargará mucho más lento de lo que lo pueda hacer con su cargador original.
No se de cuanto es el cargador del iphone pero por ejemplo el cargador de mi S7 edge es de 2000mah... osea que si lo cargase con el usb del coche, lo cargaría tan solo con una cuarta parte de la intensidad del cargador de origen.... con lo que tardará un huevo y parte del otro en cargarse.
Lo dicho, no es problema del coche... podrás comprobar que te carga a la misma velocidad que si lo enchufas a un USB 2.0 de un ordenador.
Lo mejor es que enchufes un cargador de mechero de 2Ah. Los tienes por 2 duros de buena calidad.